自賠責保険において後遺障害等級認定を受けるには、大別して三つの方法があります。

事前認定

これは加害者側の保険会社（一括社）に手続きをしてもらう方法です。
一括社は、後遺障害診断書や画像などの資料を、後遺障害等級認定機関である『損害保険料率算出機構・自賠責損害調査事務所』に提出し、後遺障害等級認定を求めます。
後遺障害等級が決まると一括社は賠償額の提示の案内をし、示談が成立すると賠償金が支払われます（※）。

メリット 手間がかかりません。
デメリット 被害者の立証責任をうまく果たせないところです。
被害者には、損害賠償を請求する権利があると同時に、どれだけ損害があるのか（自分の症状がどれだけ重いか）を立証する責任があります。
反対に、加害者側には、被害者の症状がどれだけ重いかを立証する責任はありません。
そのため事前認定によると、被害者の症状を後遺障害等級として評価する際の資料が不足し、後遺障害等級認定機関が症状の実態を把握できず、実際よりも低い評価になる事もありえます。
現場においては、必要な検査資料が出されずに後遺障害等級認定申請が行われている事が数多くあります。

※農協などの自賠責共済の場合は、等級についての判断は共済自身がします。

被害者請求（自動車損害賠償保障法第16条請求）

被害者自身で手続きをする方法です。
この場合、被害者は自ら必要資料を整えます。
そして整った資料を『加害者の自賠責保険会社』に提出します。そうすると、自賠責保険会社から、『損害保険料率算出機構・自賠責損害調査事務所』に書類が回り調査が開始されます。
調査が終了すると自賠責保険会社に書類が戻り、被害者は通知を受け、認定等級に応じて賠償金が支払われます（※）。

メリット １．手続きの透明性が高い。
２．提出書類や資料について自ら検討できる。
３．等級認定がされると、示談前に自賠責部分の賠償金が先に支払われる。
デメリット 手間がかかります。

※農協などの自賠責共済の場合は、等級についての判断は共済自身がします。 

被害者請求を専門家に依頼する方法（自動車損害賠償保障法第16条請求・受任請求）

自動車損害賠償保障法の各種手続きを業務として受任可能な法的資格者は、弁護士と行政書士のみです。
ただ、弁護士・行政書士のいずれの資格者も、業務の範囲が広範で多岐にわたりますので、自賠責保険の請求手続きや後遺障害等級の認定実務に精通している資格者を探して、依頼するとよいと思われます。

メリット １．手間がかからない。
２．ポイントが絞られ、的を射た立証資料が提出できる。
３．手続きの透明性が高い。
４．提出書類や資料について専門家とともに検討できる。
５．等級認定がされると、示談前に自賠責部分の賠償金が先に支払われる。
デメリット 費用がかかります（費用対効果を考える必要有り）。
費用対効果を考えるという意味でも、手続きを依頼される前に、相談またはお見積もりをされる事をお勧めします。

後遺障害の手続きは、経験と実績がある専門家に依頼することが非常に重要です。